我不知道你在说什么。

字面翻译为:

我不知道你在说什么。

我不知道你说什么。

翻译成英语:

不知道你什么意思(不可能是我不知道你什么意思,因为我不知道之后应该是正常语序,上面两句也一样)

我听不懂你的话(我不明白你说的话)