谁跟你走,不应该是你跟谁走吗?为什么是谁在书里?

这个句子中be动词的主语是you,所以你应该用are。

你可能明白主语是谁,所以你用is。如果不提前疑问代词,这句话应该是你和谁一起去,这样你就明白了。